Mehmet Paşa Camii haziresinde yer alan kabirlerden biri de1533’te vefat etmiş olan Seydi Halife’ye aittir. Onun 1485’lerde gelişiylebirlikte Habib Karamani’yi mürşid olarak seçmiş olduğu ve şeyhinin vefatındansonra yaklaşık otuz beş yıl tekkenin başında bulunduğu anlaşılıyor. ŞeyhHabîb-i Karamânî hazretlerinin Amasya'ya geldiği ve halkı irşada başlamışolduğu sıralarda talebeleri arasında Ali isimli biri vardır ki,bağlılığı ve muhabbeti sebebiyle kısa zamanda tasavvufun yüksek derecelerineulaşmakla kalmaz aynı zamanda şeyhin halifeleri arasında ön sıralara çıkar.Hocasının vefatından (1495) sonra onun yerine geçip insanlara hak ve hakikatianlatan Seydi Halife’nin yaşadığı sofiyane hayat tarzı onu keramet ehli birHakk aşığı haline getirir. Etrafındakilere timsal teşkil eden yaşayışı,gündüzleri oruç tutmak, geceleri devamlı ibadet etmekle ve neticede nefsinistemediklerini yaparak onu terbiye etmekle haram ve şüpheli durumlardankaçınan bir yaşayış tarzıdır. Onun vefatı, sevgiliye kavuşma anıdır. Ruhubedenini terk edeceği esnada, adeta bir sabırsızlık gösterir. Sanki dünyahayatı bir zindandır ve o özgürlüğüne kavuşacaktır. İnsanların vefatı ilekendisini kabristana çalgı aletleri ile adeta raks ederek götürmelerini isteyenSeyyid Burhaneddin’i hatırlatan bir hali vardır. Son nefes anında dahi aklıbaşındadır ve soranlara gördüklerini anlatırken çehresinden hiç eksilmemiş olanmanevi alemin nuru parıldamaktadır.
Cezbenin gücü ile ruhunu teslim eder.